Un herbario es una colección de plantas desecadas, prensades y ordenadas sistemáticamente, mantenidas en condiciones de baja humedad y desinfección para su conservación. Estas plantas están destinadas al estudio y a la investigación de la botánica.

El Herbario (HJBS) está organizado según las secciones sistemáticas de pteridófitos, gimnospermas, dicotiledóneas y monocotiledóneas de acuerdo con BRUMMIT, 1992 Vascular Plant Families and Genera. Dentro de cada grupo, los pliegos están ordenados por orden alfabético de familias, géneros y especies.

El Herbario se encuentra en el Instituto Botánico, en unas instalaciones que garantizan su conservación. Los pliegos se mantienen a una humedad relativa del 55-60% y a una temperatura de 21ºC, en unos armarios compactos. Todos los especímenes de las colecciones se congelan durante un mínimo de 48 horas antes de entrar en la sala del herbario para evitar infecciones. El herbario dispone de control de plagas mediante trampas de feromonas para las diferentes especies nocivas.

La colección principal contempla básicamente la flora de las Islas Baleares y es el resultado de herborizaciones realizadas por el personal del Jardín Botánico como consecuencia de su actividad laboral y de investigación. Además, esta colección se ve enriquecida con los herbarios personales y colaboraciones especiales de Jeroni Orell, Maria Mayol, Maurici Mus, J. A. Rosselló, Gabriel Bibiloni, Guillem Alomar, Antoni Rebassa, Joan Mayol y Jean-Paul Dagnac.

A parte de la Colección general, el HJBS dispone del herbario histórico del Pare F. Bonafè , el herbario del Hermano Bianor y el del naturalista menorquín Antoni Pons i Guerau de Arellano. Los datos de estas colecciones se pueden consultar en la base de datos Global Biodiversity information Facility.

En estos momentos todo el Herbario se está informatizando con el programa HERBAR, una aplicación en MS-Acces para la gestión de herbarios. Es la aplicación standard de la AHIM (Asociación de Herbarios Ibero Macaronésicos) a la que pertenece el Jardín Botánico de Sóller.

Utilización y préstamos

El herbario puede ser visitado por científicos acreditados haciendo una solicitud por escrito. El acceso a las colecciones BONAFÈ y BIANOR requiere de la presencia del personal del herbario. El visitante debe firmar una hoja de visita anotando los datos del usuario, la fecha y el material consultado. Los préstamos se realizan sólo a instituciones botánicas reconocidas. Para hacer una solicitud de sebe enviar una carta o correo electrónico con el nombre de la institución, el investigador principal que revisará el material, la dirección completa, el correo electrónico, el listado de material que solicita y el motivo de la solicitud además de la fecha y la firma.
 
Las colecciones históricas no se dejan en préstamo aunque se pueden solicitar fotografías de los pliegos.